吴三桂见于正史、有明确记载的儿子主要有两位：吴应熊 和 吴应麒。此外，他还有其他儿子，但或因早夭，或因记载不详而鲜为人知。
1. 长子暨人质：吴应熊
吴应熊是吴三桂最为人知的儿子，他的命运与吴三桂的政治抉择深度捆绑。清廷为笼络吴三桂，皇太极将其妹（一说侄女）建宁公主（和硕恪纯长公主）下嫁给吴应熊，他因此成为清廷的额驸，长居北京。
这桩婚姻的本质是政治人质。吴应熊在京一方面充当了清廷与吴三桂之间的联络人，另一方面也是清廷牵制吴三桂的重要筹码。当吴三桂于康熙十二年（1673年）起兵反清时，康熙皇帝迅速反应，将吴应熊及其长子吴世霖处死，以此作为对吴三桂的沉重打击和精神震慑。吴应熊之死，彻底断绝了吴三桂与清廷妥协的后路。
2. 次子暨将领：吴应麒
与在京为质的兄长不同，吴应麒长期跟随在父亲身边，是吴三桂军事集团的核心成员之一。在吴三桂镇守云南以及后来发动“三藩之乱”期间，吴应麒作为重要的军事将领，屡立战功，被封为“金吾大将军”。
在吴三桂称帝于衡州，建立“大周”政权后，吴应麒的地位更加显赫。吴三桂死后，其孙吴世璠继位，吴应麒继续率军与清军作战。然而，关于他的最终结局，史料记载较为模糊。主流说法是，在清军攻破昆明，大周政权覆灭前夕，吴应麒与其子吴世琮等人一同被杀（或自杀），具体细节已难考证。
其他子嗣与总结
除了吴应熊和吴应麒，吴三桂应还有其他儿子，但或因才能不显、事迹不彰，或因早夭而未在历史舞台上留下重要痕迹。例如，据一些笔记史料记载，他可能还有名为吴应麟、吴应祯等儿子，但信息混乱，可信度存疑。
总而言之，吴三桂的儿子们完全被裹挟在其宏大的政治与军事野心之中。长子吴应熊成为政治牺牲品，被清廷处决；次子吴应麒作为父亲的左膀右臂，最终一同走向了家族的覆灭。他们的命运，共同构成了吴三桂这位复杂历史人物悲剧图景的一部分。
